Walaupun Indonesia telah pulih dari krisis ekonomi di akhir tahun 1990-an, negara ini masih tertinggal dari negara-negara tetangga sehubungan dengan akses terhadap layanan pendidikan yang bermutu. Fokus upaya tersebut saat ini adalah pada kualitas lembaga dan belanja publik. Tantangan utamanya mencakup:

• Pendaftaran sekolah menengah. Indonesia memiliki pendaftaran sekolah dasar yang cukup universal, tetapi di tingkat menengah pertama, peningkatan berjalan lambat. Hanya 55 persen anak-anak dari keluarga berpendapatan rendah terdaftar di sekolah menengah pertama.
  
  
• Prestasi pembelajaran siswa. Indonesia terus mendapat prestasi yang rendah dalam uji berstandar internasional atas prestasi siswa, bahkan setelah memperhitungkan kondisi sosial ekonomi. Di tahun 2003, Indonesia mendapat posisi ke-33 dari 45 negara dalam Third International Mathematics Science Study (TIMSS). Di tahun 2006, Program for International Student Assessment (PISA), yang menilai seberapa baik kesiapan siswa berumur 15 tahun dalam menghadapi kehidupan, Indonesia mendapat peringkat 50 dari 57 negara dalam bidang ilmu pengetahuan, membaca dan matematika.
  
  
• Alokasi belanja. Walaupun belakangan ini terjadi peningkatan dalam belanja pendidikan secara keseluruhan, investasi Indonesia untuk pendidikan menengah, terutama menengah pertama, masih kurang. Pada saat yang sama, anggaran operasional telah ditekan karena peningkatan substansial dalam pengeluaran untuk gaji.